Toyota Gazoo Racing logró otro 1-2 en la sesión de clasificación con Kamui Kobayashi y Mike Conway, que han marcado un tiempo medio de 1 min 53,747 s para conseguir su tercera pole de la temporada en el Toyota TS050 Hybrid n.º 7.  Conway también marcó una mejor vuelta de 1 min 53,683 s, 0,2 segundos más rápido que su compañero de equipo y 1,1 segundos más rápido que la mejor vuelta de clasificación de la temporada pasada.

El coche n.º 8 de Toyota Gazoo Racing, pilotado por Kazuki Nakajima y Sébastien Buemi, quedó en segunda posición, 0,496 segundos por detrás del otro Toyota TS050 Hybrid, con una vuelta media de 1 min 54,243 s.  SMP Racing logró un tercer y un quinto puesto; el n.º 17 salió de la segunda fila con una media de 1 min 54,711 s, y el BR1-AER n.º 11, de la tercera fila, 1,3 segundos por detrás de sus compañeros de equipo.

Los dos R13-Gibsons de Rebellion dividieron al equipo ruso; el R13 n. º3 quedó en cuarto lugar, con 1 min 55,640 s y, el n.º 1, en sexto lugar, con 1 min 56,021 s, con el Enzo-Gibson n.º 4 de Bykolles Racing a 8,4 segundos de distancia, en séptima posición.

El Bykolles de LMP1 se detuvo en la línea de salida y llegada, lo que hizo ondear una bandera roja a falta de cinco minutos para el final de la sesión.  La sesión se reanudó, pero con la lluvia que caía por todo el circuito y con los mejores tiempos ya establecidos, solo un coche se aventuró a salir a la resbaladiza pista.

En la clase LMGTE Pro, Ford, Aston Martin y BMW no podían estar más cerca: ocupaban las tres primeras posiciones y solo los separaban 0,092 s.

La parrilla de LMGTE para la carrera de mañana estará encabezada por el Ford GT n.º 67 de Ford Chip Ganassi, de Andy Priaulx y Harry Tincknell, después de que Priaulx marcara una impresionante vuelta tardía para completar un promedio de 2 min 12,885 s y lograr así la segunda pole position consecutiva del Ford GT n.º 67.

La vuelta de Priaulx superó al Aston Martin de Maxime Martin y Alex Lynn, que marcaron un promedio de 2 min 12,952 s en el Vantage n.º 97, a solo 0,067 s de distancia.  El BMW Team MTEK n.º 82 de Augusto Farfus y Antonio Felix da Costa logra una media de 2 min 12,977 s y se sitúa en tercera posición.

La pole de LMP2 fue para G-Drive Racing: Job Van Uitert y Jean-Éric Vergne se aseguraron la primera posición con una media de 2 min 0,674 s.  Vergne marcó la mejor vuelta de 2 min 0.003 s en la pista en la que G-Drive ha ganado tres veces desde 2014, incluida la carrera de 2018 en Bélgica.

El segundo y tercer puesto en LMP2 fue para el equipo de Jackie Chan DC Racing; el Oreca-Gibson n.º 38, conducido por Gabriel Aubry y Stéphane Richelmi, solo supera al n.º 37 de Will Stevens y David Heinemeier-Hansson.

En la categoría LMGTE Am, el equipo británico TF Sport se adjudicó su primera pole del WEC al vencer a sus rivales, Salih Yoluc y Charlie Eastwood, con una media de 2 min 16,061 s en el Vantage n.º 90 de Aston Martin.  Eastwood marcó una vuelta rápida de 2 min 15,016 s para hacerse con el primer puesto en la parrilla de mañana.

El segundo de la clase fue el Porsche n.º 88 de Dempsey-Proton Racing, de Gianluca Roda y Matteo Cairoli, con una marca de 2 min 16,171 s, mientras que los puntos que lideran el Porsche de Team Project 1, de Egidio Perfetti y Jorg Bergmeister, ocupa la tercera posición con una marca de 2 min 16,390 s.

Las 6 Horas de Spa-Francorchamps comenzarán el sábado 4 de mayo a las 13:30 h (hora local).